EKB kõrgeim organ on liikmete üldkoosolek. EKB igapäevatööd juhib ja esindab EKB juhatus. Juhatus määratakse ametisse liikmete üldkoosoleku poolt 3 aastaks. Praegune juhatus on ametis 2025.a. detsembrist:

Juhatuse liikmetele töötasu ei maksta.